В 1908 году был избран профессором всеобщей истории московских Высших женских педагогических курсов, основанных при Обществе воспитательниц и учительниц им. Д. И. Тихомирова; читал лекции до закрытия курсов в 1918 году. Одновременно преподавал историю в учебных заведениях Москвы[3], читал лекции в Московском обществе народных университетов.

В 1911—1912 годах руководил экскурсиями российских учителей в Риме, читал лекции в римских музеях по истории античного искусства, римского Форума, Палатина. С 1915 года — профессор Московского городского университета им. А. Л. Шанявского по кафедре истории религий. С 1916 года он — профессор Нижегородского городского народного университета.

С 1920 года Н. А. Кун — профессор факультета общественных наук Московского государственного университета. Одновременно преподавал историю культуры в 1-м Московском педагогическом институте (1918—1925). С 1935 года до смерти состоял профессором МИФЛИ.

С 1933 года был редактором отдела древней истории Большой советской энциклопедии и Малой советской энциклопедии, написал несколько сотен статей и заметок.

Последние годы провёл на даче в Черкизовском парке. Похоронен на Черкизовском кладбище.